Su desiderio dell’allora cardinale titolare della basilica di S. Crisogono, Girolamo Basso della Rovere, il 4 giugno 1489 il papa Innocenzo VIII affidò la basilica ai Carmelitani. Con loro fiorì una speciale devozione per la Madonna del Carmine e ben presto, si formò una Confraternita denominata “S. Maria Mater Dei del Carmine”. Circa mezzo secolo dopo a seguito di una bolla di Paolo III emanata il 30 novembre 1539, nella quale si raccomandava uno speciale culto per il Corpo di Cristo e si concedevano indulgenze e privilegi alle Confraternite dedicate al SS.mo Sacramento, l’allora priore dei Carmelitani, Giovanni Battista Granelli nel 1543, istituì nella chiesa di S. Crisogono una nuova Confraternita che, unita alla preesistente, venne denominata “Confraternita del SS.mo Corpo e della Gloriosissima Vergine Maria Mater Dei del Carmine”.
Il primo aprile dello stesso anno i Carmelitani diedero alla Confraternita, ad uso di oratorio, la cappella dedicata alla Vergine del Carmine, situata in fondo alla navata destra, dove era posto il mosaico di scuola Cavalliniana (oggi nel tamburo dell’abside) raffigurante la Vergine col Bambino assisa in trono fra i Santi Crisogono e Giacomo il Maggiore. Con lo svilupparsi della Confraternita la cappella oratorio divenne insufficiente a soddisfare tutte le esigenze dei confratelli che chiesero ed ottennero dai Carmelitani, il 5 febbraio 1588, anche un luogo adiacente al campanile della chiesa dove costruirono un altro oratorio. Molteplici erano i compiti dei confratelli: mantenere perpetuamente il decoro all’altare del SS.mo Sacramento e all’immagine della Vergine del Carmine; accompagnare il SS.mo Sacramento quando veniva portato agli infermi; partecipare, ogni quarta domenica del mese, alla processione dei Carmelitani in S. Crisogono; contribuire alla festa della nascita della B.V.M. (onere riservato alle consorelle); provvedere a loro spese alla processione della statua di Maria per le vie di Trastevere. Per i numerosi meriti alla Confraternita (essa già beneficiava sia delle indulgenze del SS.mo Sacramento, sia di quelle delle Confraternite del Carmine) fu concesso il titolo di Arciconfraternita e, dal 1605, anche il potere di liberare nel giorno di S. Crisogono un condannato alla pena capitale.
L’Arciconfraternita aggregò a se due Confraternite fuori Roma: S. Maria Maddalena di Viterbo e Madonna del Carmine di Nettuno. Nel 1627 i confratelli acquistarono un terreno sito di fronte alla Basilica, di proprietà del cavaliere Orazio Ricci, per costruire un nuovo oratorio essendo il loro rimasto danneggiato dai lavori di costruzione del portico di S. Crisogono. L’oratorio, molto più ampio del precedente, fu fabbricato grazie alla munificenza di Scipione Borghese, cardinale titolare della basilica e sostenitore della stessa Arciconfraternita. I confratelli ebbero sempre cura della loro cappella oratorio in S. Crisogono, perno centrale di fede e luogo di sepoltura dei loro morti, che nel 1648 fu ristrutturata completamente a spese del confratello Matteo Velentini. Il 7 ottobre del 1662 Essa ottenne dal Rev. Capitolo di San Pietro, la solenne incoronazione della Vergine e del Bambino, privilegio riservato alle Immagini ritenute miracolose. Le due figure del mosaico furono fregiate con corone d’oro del valore di 166 scudi. Alcuni confratelli appartenevano alle più nobili famiglie romane, fra loro il primicerio Don Carlo Bichi e i guardiani Lelio Orsini, Francesco Marescotti, Giovanni Battiscta Costaguti. L’Arciconfraternita, la prima a Roma ad onorare la Madonna del Carmine, continua il suo cammino di Fede nonostante le asperità, dovette lasciare, in seguito ai lavori iniziati dal Comune per l’apertura di Viale Trastevere, l’oratorio sito di fronte alla basilica e da loro ampliato nel 1756, fu in primo tempo ospitata in S. Egidio e in seguito passò nella cappella di S. Caterina nella chiesa di S. Giovanni Battista dei Genovesi. Finalmente, per intercessione di S. Pio X, (peraltro sostenuta anche dal cardinale Raffaele Mary del Val segretario di stato e protettore dell’Arciconfraternita) l’11 agosto 1909 ottenne la definitiva sistemazione nella chiesa di S. Agata. L’Arciconfraternita ha avuto uno sviluppo notevolissimo, si pensi che alla fine del XVII secolo numerava circa ventimila iscritti, molti di provenienza Còrsa, mentre per i primi anni del XX secolo in ogni famiglia trasteverina vi era almeno un membro iscritto, ancora oggi nonostante lo spopolamento del “nostro” Rione il numero dei Confratelli è notevole.
Nel corso dei secoli la Confraternita ha sempre mantenuto saldi i principi della verità nella divulgazione della buona dottrina: “LE SOLENNITÀ DI LUGLIO IN ONORE DELLA MADONNA DE’ NOANTRI”, ne sono uno dei momenti più esaltanti della vita dell’Arciconfraternita, che non si limita solo al culto eucaristico a cantare le lodi della Vergine Maria, ma si estrinseca anche nell’aspetto caritativo e formativo in sintonia con le direttive della Diocesi. L’Ottavario, che presenta un aspetto di notevole impegno liturgico e organizzativo per l’Arciconfraternita, mantiene viva e fiorente la devozione Carmelitana della Città di Roma, tanto che molti Pontefici si resero partecipi della solennità – S. Pio X nel maggio 1904 – in occasione di un’udienza particolare concessa ai Confratelli, chiese di essere iscritto nel registro Confraternale e da ultimo, in ordine di tempo, SS. Paolo VI all’inizio dell’Ottavario del 1964 si recò presso la nostra chiesa per venerare la Madonna. La lapide affissa all’ingresso della Sacrestia testimonia il Solenne evento storico che ci riporta anche al discorso pronunziato il 15 luglio 1964 da S.S. Paolo VI:

“Carissimi Figli di Trastevere!”

Potete immaginare perché sono venuto… Per due ragioni. La prima la più importante è quella di onorare la Madonna. Voi fate una grande festa a Maria SS.ma, la famosa “festa de’Noantri” e sono voluto venire anch’io con voi a rendere il tributo della mia devozione e quello della mia preghiera a Maria… Quì si custodisce un’insigne Immagine Mariana dal bellissimo titolo, quella della Clemenza. Ora si è aggiunta la devozione, nel rione, alla Vergine SS.ma del Carmine, venerata da tutta la popolazione, e ben giustamente… Ebbene voglio onorare con voi La Madonna. Dobbiamo sentirci legati profondamente a Maria SS.ma perché è figlia anch’essa del genere umano, perché nostra sorella…”